Από... 40 κύματα!
Αποτελεί το σύμβολο της πόλης των Χανίων. Ο Αθλητικός Όμιλος, μπορεί να πέρασε από… 40 κύματα, αλλά ποτέ δεν έπαψε να εκφράζει μια ολόκληρη πόλη.
Το 1945 δημιουργήθηκε η Αθλητική Ένωση Χανίων, που αποτέλεσε και τον «προάγγελο» του ΑΟΧ, η ιστορία του οποίου ξεκινάει, ουσιαστικά το 1970, όταν η ΑΕΧ μετονομάστηκε σε ΑΟ Χανιά. Αυτή ήταν και η πρώτη χρονιά που η ομάδα αγωνίστηκε στην Β’ Εθνική, η οποία αποτελείτο από τρεις ομίλους.
Στην δεύτερη τη τάξει εθνική κατηγορία, η ομάδα, ως ΑΟΧ παρέμεινε για δέκα χρόνια. Καλύτερη στιγμή ήταν η περίοδος 1971-72 όπου οι Χανιώτες «χτύπησαν» με αξιώσεις την άνοδο στην Α’ Εθνική, αλλά τερμάτισαν 3οι στον βαθμολογικό πίνακα.
Την περίοδο 1973-74 τα Χανιά πρωταγωνιστούν στο πρώτο… μισό του πρωταθλήματος, δείχνοντας πως ήταν το μεγάλο φαβορί για την άνοδο στην Α’ Εθνική. Όμως, την 13η αγωνιστική, το παιχνίδι με τον Αχαρναϊκό στο Μενίδι, έμελλε να βάλει «ταφόπλακα» στα όνειρα για την άνοδο. Το ματς διεκόπη στο 68’ σε βάρος των Κρητικών, ενώ το σκορ ήταν 3-0 υπέρ των γηπεδούχων, με αποτέλεσμα ο ΑΟΧ να μηδενιστεί και να αφαιρεθούν τρεις βαθμοί, που επιστράφηκαν στην ομάδα, όταν όλα είχαν κριθεί.
Η σεζόν 1979-80 αποτέλεσε το «κύκνειο άσμα» του συλλόγου στην Β’ Εθνική, καθώς τερμάτισε στην 17η θέση και υποβιβάστηκε. Όμως, την επόμενη χρονιά, ο ΑΟΧ κατάφερε να επιστρέψει άμεσα στην δεύτερη τη τάξει εθνική κατηγορία, όπου παρέμεινε για δύο χρόνια.
Τότε, το καλοκαίρι του 1983 ο Αθλητικός Όμιλος Χανίων έπεσε «θύμα» της αναδιάρθρωσης της κατηγορίας, καθώς οι δύο όμιλοι των 20 ομάδων, έγιναν ένας όμιλος των 18 συλλόγων και δημιουργήθηκε η Γ’ Εθνική. Αυτή ήταν και η τελευταία φορά που ο ΑΟΧ κατάφερε να αγωνιστεί στην Β’ Εθνική.
Μάλιστα, από το καλοκαίρι του 1983 καμία κρητική ομάδα προερχόμενη από τον νομό Χανίων, δεν κατάφερε να αγωνιστεί στην δεύτερη εθνική, εν αντιθέσει με τους υπόλοιπους νομούς, όπου είχαν εκπροσώπηση. Ο ΕΑΡ για το Ρέθυμνο, ο Εργοτέλης και ο ΟΦΗ για το Ηράκλειο και ο ΑΟ Άγιος Νικόλαος για το Λασίθι.
Μετά από έναν χρόνο παραμονής στην κατηγορία, ο ΑΟΧ δεν καταφέρνει να διατηρηθεί σε επαγγελματικό επίπεδο και την περίοδο 1985-86 τον βρίσκει στην Α’ Χανίων. Έκτοτε έκανε πολλές προσπάθειες να επιστρέψει και τα κατάφερε το 1988 όταν ανέβηκε στην Δ’ Εθνική.
Οι κόποι 8 ετών και πολλών «μαχών» για την επιστροφή στην Γ’ Εθνική, έφεραν… καρπούς την σεζόν 1992-93, όταν τα Χανιά κατάφεραν να κατακτήσουν το πρωτάθλημα της Δ’ Εθνικής. Την επόμενη χρονιά, ο ΑΟΧ «χτύπησε» την άνοδο στην Β’ Εθνική, αλλά στο κρίσιμο παιχνίδι με τον Πανηλειακό, έμεινε στο 1-1 και το όνειρο απομακρύνθηκε.
Δύο χρόνια αργότερα, μία ακόμα «μαύρη» σελίδα στην ιστορία της ομάδας, γράφτηκε με τον υποβιβασμό στην Δ’ Εθνική, για να ακολουθήσει η πτώση στην Α’ Χανίων. Τη σεζόν 1998-99, παρά την ένωση με τον Παγχανιακό, ο ΑΟΧ έπεσε κατρακύλησε στην Β’ Κατηγορία της ΕΠΣ Χανίων και στην αυγή του νέου αιώνα, έφτασε στο απόλυτο μηδέν με τον υποβιβασμό στην Γ’ Κατηγορία.
Την επόμενη σεζόν, η ομάδα προσπάθησε να πάρει την άνοδο, αλλά δεν τα κατάφερε και παρέμεινε στην τρίτη κατηγορία, την στιγμή, που μια άλλη ομάδα των Χανίων, η ΑΕΧ ανέβηκε στην Γ’ Εθνική. Το 2001-02 ο ΑΟΧ επέστρεψε στην Β’ Κατηγορία, αλλά άμεσα υποβιβάστηκε. Τα προβλήματα ήταν τόσα πολλά, που την χρονιά 2004-05 τα Χανιά δεν δήλωσαν συμμετοχή στο πρωτάθλημα.
Ωστόσο, το καλοκαίρι του 2005 μία ομάδα επιχειρηματιών της πόλης, μη μπορώντας να βλέπουν το καμάρι των Χανίων να βρίσκεται μεταξύ φθοράς και αφθαρσίας, με επικεφαλής τους Νότη Ψυλλάκη και Σταύρο Πάτερο, δίνει μια νότα αισιοδοξίας. Η συγχώνευση από τον ΑΟΧ 2004 έφερε την ομάδα στην Α’ Κατηγορίας της ΕΠΣ Χανίων.
Παρά τις προσπάθειες, η άνοδος στην Δ’ Εθνική δεν ήρθε, με τον Αστέρα Χαλέπα να παίρνει το εισιτήριο. Κάτι ανάλογο έγινε και την επόμενη σεζόν, αλλά ο ΑΟΧ κατάφερε να πάρει την άνοδο, καθώς πήρε τη θέση της ΑΕΧ, όπως είχε γίνει το 1970 όταν και δημιουργήθηκε η ομάδα. Την περίοδο 2009-10 τα Χανιά κατέκτησαν το πρωτάθλημα στο περιφερειακό και η ομάδα επέστρεψε στην Γ’ Εθνική.